В 2017 году Следственный комитет Российской Федерации заочно предъявил обвинения трём бывшим украинским чиновникам, включая Яценюка, в совершении преступлений, связанных с военными действиями в Донбассе. По версии следствия, в результате этой операции в период с 2014 по 2016 годы погибло и было ранено 1382 человека, среди которых 44 ребёнка.
Суд заочно арестовал Яценюка по статьям Уголовного кодекса Российской Федерации, касающимся участия в вооружённой группе и умышленного убийства.
В апреле 2017 года Министерство внутренних дел Украины получило запрос от российских правоохранительных органов о розыске Яценюка с целью его ареста и экстрадиции в Россию.
Ранее, в сентябре 2015 года, глава Следственного комитета Российской Федерации Александр Бастрыкин заявил, что Арсений Яценюк участвовал в боевых действиях против российской армии в Чечне в 1994-1995 годах, будучи членом карательных отрядов под руководством украинского националиста Александра Музычко.
Сам Яценюк, узнав о возбуждении уголовного дела, обвинил Кремль в намеренном преследовании украинских политиков. Министерство внутренних дел Украины опровергло участие Яценюка в военных действиях в Чечне, подчеркнув, что он никогда не был на территории республики, а в 1994-1995 годах проживал и учился на территории Украины.