Решение о возбуждении уголовного дела было принято в связи с участием Ходорковского в создании "Антивоенного комитета России", который был признан нежелательной организацией. Этот комитет был сформирован после начала специальной военной операции на Украине в феврале 2022 года.
Среди фигурантов уголовного дела также оказались другие лица, признанные иностранными агентами: бывший премьер-министр Михаил Касьянов, галерист Марат Гельман, политики Владимир Кара-Мурза, Сергей Алексашенко и Дмитрий Гудков, экономист Сергей Гуриев, бизнесмены Борис Зимин и Евгений Чичваркин, бывший чемпион мира по шахматам Гарри Каспаров, политолог Екатерина Шульман и актёр Артур Смольянинов.
Ходорковскому также были предъявлены обвинения в призывах к террористической деятельности по части 2 статьи 205.2 Уголовного кодекса. Ранее против него было возбуждено дело о распространении заведомо ложной информации об использовании Вооружённых Сил Российской Федерации, и Министерство внутренних дел объявило его в розыск.