Шишанов был обвинён в нанесении материального ущерба Министерству обороны Российской Федерации на общую сумму 619 836 806 рублей 93 копейки.
В 2024 году Бутырский суд Москвы приговорил Шишанова к пяти годам лишения свободы, а его сообщника Олега Гомозова — к четырём годам. Однако приговор был обжалован, и в 2025 году Мосгорсуд смягчил наказание для Шишанова до четырёх с половиной лет лишения свободы, оставив остальные части приговора без изменений.
Суд установил, что Шишанов, при содействии Гомозова, получил необоснованно завышенную оплату по секретному государственному контракту. Оба фигуранта не признали свою вину, утверждая, что контракт был фактически выполнен и не привёл к серьёзным последствиям.
В материалах дела также содержится информация о том, что решением Арбитражного суда города Москвы Шишанов был признан банкротом, а на его имущество, включая денежные средства в размере 12,5 миллиона рублей, был наложен арест.