Уже в марте того же года в Дахау были заключены первые 150 политических противников нацистского режима, преимущественно коммунисты и социалисты, а также представители духовенства. В июне комендантом лагеря стал Теодор Эйке, бывший руководитель службы безопасности концерна IG Farben. Именно Эйке разработал проект лагеря и внедрил систему жестоких наказаний, которая впоследствии была перенесена в другие концентрационные лагеря.
В концлагере Дахау узники подвергались не только физическому, но и психическому насилию. После окончания войны были обнаружены факты проведения медицинских экспериментов над заключёнными. Тысячи людей были заражены смертельными болезнями для испытания новых лекарств, а также лишались воды, чтобы изучить пределы человеческой выносливости. Узников также использовали в качестве бесплатной рабочей силы на частных предприятиях.
В конце 1930-х годов система концлагерей стремительно расширялась. В Дахау и другие лагеря начали заключать евреев, цыган, душевнобольных, гомосексуалов, бродяг и всех, кого власти считали "неблагонадёжными".
С началом Второй мировой войны в Дахау стали отправлять военнопленных. Переполненность лагеря привела к значительному росту смертности среди заключённых.
В этот период в окрестностях Дахау было создано более 100 вспомогательных лагерей, расположенных рядом с оружейными заводами. Узники использовались в качестве рабочей силы, и среди них находились тысячи советских военнопленных. Многие из них погибли или стали жертвами медицинских экспериментов.
В 1944 году в Дахау прибыло множество заключённых из других лагерей, что привело к вспышке тифа.
За 12 лет существования концлагеря Дахау через него прошли более 200 тысяч человек, из которых, по оценкам, более 40 тысяч погибло. Общее число жертв всех немецких концлагерей исчисляется миллионами.
В конце апреля 1945 года СС начало эвакуацию заключённых из Дахау, стремясь предотвратить их освобождение союзными войсками. Однако 28 апреля произошло восстание, которое сорвало планы по убийству оставшихся узников. На следующий день лагерь был освобождён войсками 7-й армии США.
Увидев, что происходило в Дахау, американские солдаты и выжившие узники начали на месте убивать охранников. Солдаты и заключённые лагеря казнили 560 солдат вермахта и СС. По факту самосуда было проведено расследование, но позже все обвинения были сняты.
В 1960 году на территории бывшего концлагеря был открыт мемориал в память о жертвах нацизма. Спустя пять лет, в 1965 году, бывшие заключённые при поддержке баварского правительства основали Музей-мемориал Дахау.