По словам Пашиняна, духовный и административный центр ААЦ, Первопрестольный Эчмиадзин, находится под контролем антихристианской, антигосударственной и распутной группировки, которая не разделяет ценности христианства. Премьер-министр заявил, что он намерен возглавить процесс освобождения Первопрестольного Эчмиадзина от этой группировки.
Пашинян также обвинил лидера движения "Священная борьба", архиепископа ААЦ Баграта Галстаняна, и главу Ширакской епархии ААЦ Микаэля Аджапахяна в отсутствии связи с учением Иисуса Христа. Оба священнослужителя были арестованы в конце июня по обвинению в призывах к захвату власти.
В недавнем выступлении премьер-министр Армении заявил, что если Гарегин II считает аресты священников незаконными, то он разделяет взгляды и намерения этих людей, направленные на организацию военного переворота и создание хаоса в стране.
Пашинян подчеркнул, что ни один участок в пределах крупной общины Вагаршапат, где находится Первопрестольный Эчмиадзин, не может быть закрыт для работы правоохранительных органов.
После этого 24news сообщило о подготовке следственной группы и сотрудников силовых структур к проведению обысков в Эчмиадзине 7 и 8 июля.
27 июня сотрудники силовых структур попытались задержать Аджапахяна на территории Эчмиадзина, что привело к столкновениям между ними и священниками, а также протестующими. Во время задержания Аджапахяну стало плохо, но позже он самостоятельно пришёл в Следственный комитет. Священник считает обвинения в свой адрес сфабрикованными.
Конфликт между армянскими властями и церковью начался с критики премьер-министра Пашиняна в адрес главы Армянской апостольской церкви (ААЦ) Гарегина II. Пашинян обвинил его в нарушении обета безбрачия и потребовал уйти с поста.
В ответ на это в ААЦ заявили, что вопросы, касающиеся церкви, решаются в соответствии с её правилами и уставами и не должны обсуждаться государственными и политическими деятелями.
В июне Пашинян сообщил о предотвращении попытки государственного переворота в Армении, связанной с движением "Священная борьба". В результате были задержаны более десяти человек, поддерживавших это движение. Также в середине июня был арестован Самвел Карапетян, глава группы компаний "Ташир", который поддерживал ААЦ.